报告题目： Develop database and web server for genome analysis
报告人：王翊博士
报告时间：2017年4月5日（星期三）上午9：00
报告地点：学院216报告厅
报告摘要：
开发在线工具，包括数据库和在线分析服务器，是生物信息学研究的重要方向。优秀的在线工具能帮助研究者分析相应的生物数据，获得可视化的结果。本报告将分别以PIECE（植物基因内含子和外显子进化数据库）和OrthoVenn（同源蛋白在线聚类分析平台）为例子，按照软件的开发流程，讲述如何整合和利用生物信息数据来开发在线工具，进而分析和注释基因组数据。
报告人简介：
王翊博士，2002获浙江大学学士学位，2005年获电子科技大学硕士学位，2009年获重庆大学博士学位，2009-2010诺京生物软件公司软件开发工程师，2010-2015加州大学戴维斯分校和美国农业部西部研究中心博士后，2015-至今加州大学伯克利分校associate specialist，并以生物信息专家身份加入多个美国国家科学基金项目和美国农业部项目。研究方向主要为生物大数据分析，数据库和web开发，计算生物学，微生物组学等。熟悉各种组学分析流程，包括基因组，转录组，微生物组等，能参与其它各种项目进行生物大数据分析。以生物信息专家身份加入小麦D基因组计划，协作完成全基因组的拼接和分析。
近5年开发的数据库和工具包括：
1. 植物基因结构比较和进化数据库 http://probes.pw.usda.gov/piece/
2. 拟南芥蛋白互作数据库 http://probes.pw.usda.gov/AIM/
3. 植物retrocopy基因数据库 http://probes.pw.usda.gov/plantrgdb/
4. 小麦D基因组标记数据库 http://probes.pw.usda.gov/WheatDMarker/
5. Aegilops tauschii基因组测序数据库 http://aegilops.wheat.ucdavis.edu/ATGSP/
6. Parthenium argentatum基因组测序数据库 http://probes.pw.usda.gov/Guayule/
7. 小麦D基因组repeat junction标记数据库 http://probes.pw.usda.gov/ATRJM/
8. 物种同源蛋白聚类工具 http://probes.pw.usda.gov/OrthoVenn/
9. 基因集合在相互作用组上的注释工具http://probes.pw.usda.gov/NetVenn/
10. 多倍体基因组特异引物设计工具http://probes.pw.usda.gov/GSP/
11. 微生物组核心发现、注释和可视化工具http://probes.pw.usda.gov/MetaCoMET/
欢迎广大师生参加。
农学院
2016年4月1日
